В «Современнике» Минаев печатал преимущественно переводы (из Барбье, Байрона и др.). Член редакции журнала А. Н. Пыпин называет его в письме к И. А. Панаеву «одним из сотрудников, которыми журнал дорожит».
Во время известной полемики 1864–1865 гг. между «Современником» и «Русским словом» по философским, общественным и литературным вопросам Минаев был на стороне первого и прекратил сотрудничество в «Русском слове». Это случилось в августе 1864 г. (тогда же был напечатан и последний его фельетон в «Русском слове»), а в январе 1865 г. Минаев объявил о своем уходе из этого журнала письмом в редакцию «Современника». В «Современнике» Минаев сотрудничал вплоть до его запрещения в 1866 г.
Самое активное участие Минаев принимал в «Искре». Старый знакомый В. Курочкина, он начал сотрудничать в «Искре» с 1860 г., со второго года ее издания, и в течение четырнадцати лет, вплоть до прекращения журнала, поместил в нем огромное количество своих произведений. Его пародии, стихотворные фельетоны, фельетоны в прозе, иногда вперемежку со стихами, драматические сцены, эпиграммы, переводы и прочее появлялись в «Искре» из номера в номер. В «Искре» (а затем и в «Гудке») он выступил и как карикатурист. Один из самых деятельных сотрудников «Искры», Минаев принимал также участие и в редакционной работе. Почти ни одна кампания, организованная журналом, не обходилась без него.
В 1862 г. Минаев три месяца редактировал «Гудок», который был при нем боевым сатирическим журналом. В объявлении о подписке на журнал он следующим образом сформулировал свой взгляд на сатиру: «Отрицание во имя честной идеи, сатира и юмор во всех их проявлениях, преследование грубого и узкого обскурантизма, произвола и неправды в нашей русской жизни — вот те начала, которыми будет руководствоваться редакция „Гудка“… Мы верим в смех и в сатиру не во имя „искусства для искусства“, но во имя жизни и нашего общего развития; одним словом, мы верим в смех как в гражданскую силу».
Уже с первого номера читателям «Гудка» представилось совершенно необычное зрелище. На заглавной виньетке был изображен Герцен, произносящий речь перед жадно слушающей его толпой крестьян; в руках у него знамя, на котором написано; «Уничтожение крепостного права». Здесь же и группа молодых людей; они читают «Гудок», наблюдают за тем, что происходит на другой стороне виньетки, играют на дудочке, пишут сатирические заметки. А на другой стороне — представители крепостнической России: помещики, военщина, чиновники, с ненавистью смотрящие на Герцена, угрожающие ему, крестьянам и молодым людям нагайкой или ищущие спасения от страшной действительности в вине, любовных похождениях и пр. Помещение подобной виньетки было в ту пору большой смелостью; ведь самое имя Герцена было с начала 1850-х годов запретным для русской подцензурной печати до весны 1862 г., когда Катков открыл поход против него всей консервативной журналистики; тем более «крамольным» должно было казаться сочувственное отношение к Герцену. Виньетка была разрешена, конечно, по недосмотру. Она появилась в четырех номерах «Гудка». Но в публике начались разные толки; говорили, что на ней изображены члены царской семьи; журнал читался нарасхват, в цензуре произошел большой переполох, дело дошло до самого Александра II, и по его распоряжению виньетка была запрещена.
С 1865 г. Минаев сотрудничал в третьем сатирическом журнале демократического лагеря — «Будильнике», выходившем под редакцией ушедшего из «Искры» художника Н. А. Степанова.
Произведения Минаева эпизодически появлялись и в других изданиях: в конце 1850-х — начале 1860-х годов — в «Русской речи» и в тогда еще либеральном «Русском вестнике», позже в газете «Русь» (1864) и др.
Ближайший круг знакомых Минаева — это по преимуществу сотрудники журналов, в которых он постоянно печатался. В середине 1860-х годов поэт был в приятельских отношениях с И. Е. Репиным.
С самого начала 1860-х годов Минаев привлекает внимание полиции. В 1862 г. III Отделение было обеспокоено тем, что, по имевшимся у него агентурным сведениям, Минаев переписывался с Герценом. В следующем, 1863 г. имя его фигурирует в доносе об образовавшемся будто бы в редакции «Искры» «клубе поморных»; в 1864 г. — в документах III Отделения по поводу «Знаменской коммуны» В. А. Слепцова, которую посещал Минаев. С октября 1865 г. Минаев, как и многие другие представители радикальных общественных кругов, был отдан под постоянный негласный и бдительный надзор полиции «по поводу заявления поименованными лицами учения своего о нигилизме».
После каракозовского выстрела, в конце апреля 1866 г., Минаев был арестован за сотрудничество в журналах, «известных своим вредным социалистическим направлением, в особенности „Современнике“ и „Русском слове“», и просидел в Петропавловской крепости около четырех месяцев. Имя Минаева встречается в доносах, в письмах разных «благонамеренных» лиц, относящихся к этому времени, где он характеризуется как «крайний либерал и нигилист».
Таким же «нигилистом» Минаев был и в глазах представителей консервативной журналистики. Интересен в этом отношении один эпизод. В 1868 г. Минаев напечатал стихотворение «Моей Галатее», в котором говорится о том, как ожившая было Галатея снова окаменела «под северной мглою холодного крова» и вернулась «на покинутый свой пьедестал». Стихотворение это явно аллегорическое. Галатея — это, конечно, Россия; ее пробуждение — подъем революционного движения и общественной мысли в конце 1850-х — начале 1860-х годов, а снова охвативший ее сон — наступившая вслед за ним реакция. Так и рассматривал его фельетонист «Петербургской газеты», упрекнув поэта за симпатии к «недавнему царству отрицателей, царству безалаберного движения вперед» и за пессимистическую оценку современной России, которая, по его словам, не повернула назад и не спит, а «работает, действует, хотя и медленно, но богатырски».